答案是应当由公司登记机关依法予以撤销。无论是虚报注册资本、提交虚假材料，还是采取其他欺诈手段隐瞒重要事实，只要公司设立登记是“骗”来的，登记本身就丧失了合法性基础，登记机关应当依照法律、行政法规的规定予以撤销。这里容易出现两个认知偏差：其一，撤销设立登记不等于否定股东资格，二者是行政认定与司法审查两个层面的问题；其二，撤销登记与吊销营业执照性质不同，前者是纠正错误的登记行为，具有溯及既往的效力，后者是一种行政处罚，只向将来发生效力。
【法条原文】
第三十九条 虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司设立登记的，公司登记机关应当依照法律、行政法规的规定予以撤销。
【法条术语】
虚报注册资本：在公司设立登记中申报的注册资本数额与实际缴付或者认缴情况不符，以不实数据骗取登记的行为。
提交虚假材料：向登记机关提交伪造、变造的身份证件、住所证明、验资证明、批准文件、股东会决议等申请材料的行为。
其他欺诈手段：虚报注册资本、提交虚假材料之外的，以隐瞒重要事实的方式误导登记机关的其他欺骗性方法。
撤销设立登记：登记机关因设立登记存在法定瑕疵，依法取消该登记、使其丧失效力的行政行为。
【关键词】
虚报注册资本；提交虚假材料；欺诈手段；隐瞒重要事实；撤销设立登记
【涉及案由】
股东损害公司债权人利益责任纠纷；股东资格确认纠纷；股权转让纠纷
【深度理解】
一、本条列举了三种违法取得设立登记的情形：虚报注册资本、提交虚假材料、采取其他欺诈手段隐瞒重要事实。三种情形的共同特征是“骗取”，即公司本不具备取得设立登记的合法条件，却因欺诈而使登记机关作出错误登记。前两种是具体列举，第三种是兜底。
二、撤销的主体是公司登记机关，依据是法律、行政法规的规定，而非公司登记机关的自由裁量随意性处置。这里的“法律、行政法规”主要指《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第五章关于撤销登记的专门规定，以及第四十四条关于罚则的规定。
三、《市场主体登记管理条例》第四十条把撤销程序规定得很细：受虚假市场主体登记影响的自然人、法人和其他组织可以向登记机关提出撤销登记申请；登记机关应当及时调查，经调查认定存在虚假登记情形的，应当撤销登记；相关市场主体和人员无法联系或者拒不配合的，登记机关可以将登记时间、登记事项等公示四十五日，公示期内无异议的可以撤销登记。此外，因虚假登记被撤销的市场主体，其直接责任人自登记被撤销之日起三年内不得再次申请市场主体登记，并予以公示。
四、撤销也不是绝对的。《市场主体登记管理条例》第四十一条规定，有下列情形之一的，登记机关可以不予撤销：撤销市场主体登记可能对社会公共利益造成重大损害的；撤销后无法恢复到登记前状态的；法律、行政法规规定的其他情形。第四十二条进一步规定，登记机关或者其上级机关认定撤销决定错误的，可以撤销该决定并恢复原登记状态。这体现了行政法上的比例原则和信赖保护。
五、行政责任方面，《市场主体登记管理条例》第四十四条规定，提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得市场主体登记的，由登记机关责令改正，没收违法所得，并处五万元以上二十万元以下罚款；情节严重的，处二十万元以上一百万元以下罚款，吊销营业执照。注意与第四十三条“未经设立登记从事经营活动”的罚则相区别。
六、刑事层面，《中华人民共和国刑法》第一百五十八条规定了虚报注册资本罪：申请公司登记使用虚假证明文件或者采取其他欺诈手段虚报注册资本，欺骗公司登记主管部门，取得公司登记，虚报注册资本数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处虚报注册资本金额百分之一以上百分之五以下罚金。
七、最关键的一点：撤销登记的行政决定并不当然否定股东资格。这是本条适用中最易出错之处。撤销登记解决的是“登记机关是否应当撤回该项行政许可”，而股东资格是否存在属于民事主体之间的实体法律关系，须由司法机关按照公司法、民法典关于出资、股权归属的规则进行实质审查。尤其在涉及善意债权人的场合，不能因为某人被冒名登记或者签字被伪造，就在行政程序中一并抹掉其在公司法上的股东地位。
八、实务中的“冒名登记”与“借名登记”也要区分。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第二十八条规定，冒用他人名义出资并将该他人作为股东在公司登记机关登记的，冒名登记行为人应当承担相应责任；公司、其他股东或者公司债权人以未履行出资义务为由，请求被冒名登记为股东的承担补足出资责任或者对公司债务不能清偿部分的赔偿责任的，人民法院不予支持。这与本条行政撤销是两个不同的救济路径。
九、本条针对的是设立登记；对于变更登记中存在虚假材料的，同样可以依照《市场主体登记管理条例》第四十条撤销。实务中大量出现的情形恰恰是：某次股权转让变更登记所依据的股东会决议签名系伪造，被冒名的股东申请撤销该项变更登记，但法院仍需另行审查其在实体法上是否为股东。
十、撤销登记后，公司以该登记为基础所作出的行为如何处理，取决于撤销是否具有溯及力以及善意相对人是否受保护。参照公司法第二十八条第二款关于决议不成立不得对抗善意相对人的精神，以及《市场主体登记管理条例》第四十一条关于撤销可能损害社会公共利益时不予撤销的规定，善意交易安全同样是撤销程序中必须衡量的重要因素。
【相关案例】
一、上海某针织制衣有限公司诉詹某、周某、詹某甲股东损害公司债权人利益责任纠纷案（人民法院案例库入库编号：2023-08-2-277-001，上海市第二中级人民法院（2021）沪02民终7070号民事判决）。裁判要旨：公司登记机关因非股东本人签名所作出的撤销该股东登记的行政许可决定仅对变更登记具有撤销的效力，不具有否定当事人股东资格的效力，应由司法机关就当事人是否具有股东资格进行实质审查与判断，以保护善意债权人的交易安全，维护法律关系及经济秩序的稳定。同时，公司多名股东抽逃出资，不能仅以增资款系一次性全部转移或者股东之间存在亲属关系及商业合作，即认定股东之间存在协助抽逃出资，并要求各股东对抽逃出资互负连带责任。本案是本条适用中最具指导意义的裁判，明确划出了“撤销登记”与“否定股东资格”的边界。
【司法解释】
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》（2020年12月29日第二次修正，自2021年1月1日起施行）第二十八条 冒用他人名义出资并将该他人作为股东在公司登记机关登记的，冒名登记行为人应当承担相应责任；公司、其他股东或者公司债权人以未履行出资义务为由，请求被冒名登记为股东的承担补足出资责任或者对公司债务不能清偿部分的赔偿责任的，人民法院不予支持。
【相关法律法规】
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》（2021年7月27日国务院令第746号公布，自2022年3月1日起施行）第四十条 提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得市场主体登记的，受虚假市场主体登记影响的自然人、法人和其他组织可以向登记机关提出撤销市场主体登记的申请。
登记机关受理申请后，应当及时开展调查。经调查认定存在虚假市场主体登记情形的，登记机关应当撤销市场主体登记。相关市场主体和人员无法联系或者拒不配合的，登记机关可以将相关市场主体的登记时间、登记事项等通过国家企业信用信息公示系统向社会公示，公示期为45日。相关市场主体及其利害关系人在公示期内没有提出异议的，登记机关可以撤销市场主体登记。
因虚假市场主体登记被撤销的市场主体，其直接责任人自市场主体登记被撤销之日起3年内不得再次申请市场主体登记。登记机关应当通过国家企业信用信息公示系统予以公示。
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》（2021年7月27日国务院令第746号公布，自2022年3月1日起施行）第四十一条 有下列情形之一的，登记机关可以不予撤销市场主体登记：
（一）撤销市场主体登记可能对社会公共利益造成重大损害；
（二）撤销市场主体登记后无法恢复到登记前的状态；
（三）法律、行政法规规定的其他情形。
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》（2021年7月27日国务院令第746号公布，自2022年3月1日起施行）第四十四条 提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得市场主体登记的，由登记机关责令改正，没收违法所得，并处5万元以上20万元以下的罚款；情节严重的，处20万元以上100万元以下的罚款，吊销营业执照。
《中华人民共和国刑法》（2020年12月26日第十三届全国人民代表大会常务委员会第二十四次会议通过《刑法修正案（十一）》修正）第一百五十八条 申请公司登记使用虚假证明文件或者采取其他欺诈手段虚报注册资本，欺骗公司登记主管部门，取得公司登记，虚报注册资本数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处虚报注册资本金额百分之一以上百分之五以下罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役。
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