房地产公司与股份合作公司合作进行土地开发的时候，通常是按照以下程序进行合作：
1、股份合作公司将本村（股份合作公司）土地作价入股，并自筹现金资本成立独资有限公司；或由房地产开发公司筹集现金资本成立合资的有限公司，但此时一般是股份合作公司控制有限公司（下称“新公司”）。
2、房地产开发公司购买股份合作公司持有的新公司股份，进而控制新公司。
3、房地产开发公司注资，充实新公司资本，进行土地开发。
从以上程序可以看出，如果房地产公司与股份合作公司合资成立新公司，那么房地产公司基本可以控制新公司及土地合作开发的法律风险；但是如果由股份合作公司独资成立新公司，那么新公司的可能产生隐形债务，对房地产公司是有不利影响的。因此，在第1步，房地产开发公司就应该与股份合作公司合资成立新公司，以从源头上控制法律风险，防范隐形债务的发生。
如果房地产开发公司从一开始就与股份合作公司合作成立新公司，那么在第2、3步，房地产开发公司的法律风险是可控的，反而对于股份合作公司来说，由于其股份比例下降了，在股东大会、董事会的权利机构和权利执行机构层面上对新公司的控制力也下降了，那么，股份合作公司应该在财务方面进行实际控制。
还需要注意的问题是，股份合作公司一般是以土地作价入股，而土地作价入股会产生必要的费用，因此股份合作公司为了确定房地产开发公司的诚意，一般要求房地产开发公司支付保证金。对此，深圳龙岗律师网认为，为保证公平，更为保证合作双方的诚意，房地产开发公司确应向股份合作公司支付保证金，一旦房地产开发公司违约，股份合作公司有权没收保证金，但同时应约定，如果股份合作公司违约，房地产公司有权要求双倍返还保证金。
