行政合同的一方当事人是行政机关，且合同内容也不同于普通商业合同，所以在合同履行和法律救济方面都有其特殊性。行政合同只能局限于一定的范围，不能订立违反国家设立行政权的目的和法律法规规定，也就是说行政合同也必须坚持法治原则。
行政主体与相对人在行政合同运动过程中难免会因为合同的签订，合同的旅行，行政书体前述特权的行使，情势变更等问题发生各种纠纷。解决这种与行政行为有关的纠纷有与其相适应的行政纠纷解决机制。
第一，通过协商解决纠纷。政府协商是比较常见的行政纠纷解决方法，纠纷发生后，企业应积极主动地想对策。一般而言，由于行政机关处于管理地位，一旦发生行政合同纠纷争议，单纯通过协商的方式解决问题也会存在一定难度。
第二，通过行政复议解决纠纷。我国法律规定，对于行政机关作出的具体的行政行为，公民，法人或者其他组织机构认为这种具体的行政行为侵犯其合法权益，可以向行政机关提出行政复议申请，行政合同也包括在具体的行政行为中。
第三，通过行政诉讼解决纠纷。行政合同也在行政诉讼的受案范围之内。但是由于行政合同具有民事属性，所以在案件审理的法律适用上需要同时使用行政法律法规和民事法律法规，尤其是合同法原则。
