限制一：
《劳动争议调解仲裁法》第六条规定：“与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”第三十九条规定：“劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。
”此即“举证责任倒置”原则在劳动仲裁程序中的应用。民事诉讼的举证原则是“谁主张谁举证”，但是在劳动争议案件中，由于人事登记表、考勤表、工资表等许多证据由用人单位掌握，而这些证据可以充分证实劳动者与用人单位之间的权利义务关系等重要事实，因此这些证据在劳动仲裁程序中对保障劳动者的权益非常重要，而劳动者又不可能掌握这些证据，因此《劳动争议调解仲裁法》确立此项举证制度。可以说，此项制度是整部《劳动争议调解仲裁法》的基石，如果没有这项制度，许多劳动者在劳动争议案件中根本无法胜诉，无法保障自己的合法权益。但是，对用人单位来说，却成为用人单位的“举证枷锁”，最大程度的束缚了用人单位举证的灵活度。也正是这一制度的存在，使得劳动者敢于不断的拿起法律武器保护自己的权益。而用人单位在劳动仲裁中如果不希望适用这一规则，唯一的方法就是：推翻与劳动者之间存在劳动关系的事实，是双方的争议成为普通的民事争议。
限制二：
《劳动争议调解仲裁法》第十六条规定：“因支付拖欠劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金事项达成调解协议，用人单位在协议约定期限内不履行的，劳动者可以持调解协议书依法向人民法院申请支付令。人民法院应当依法发出支付令。”根据该规定，由于调解协议实际上是用人单位承认拖欠劳动报酬等费用的事实，人民法院可以直接执行用人单位的财产。需要注意的是，深圳龙岗律师网认为，《民事诉讼法》也规定了支付令制度，但是如果债务人否认债务的存在，支付令立刻时效，所以《民事诉讼法》的支付令制度形同虚设，没有任何用处。但是，《劳动争议调解仲裁法》的支付令制度，由于是基于调解协议执行的，而调解协议相当于是用人单位对债务的认可，因此，《劳动争议调解仲裁法》中的支付令是具有直接强制执行效力的。
限制三：
《劳动争议调解仲裁法》第四十七条规定：“下列劳动争议，除本法另有规定的外，仲裁裁决为终局裁决，裁决书自作出之日起发生法律效力：”
“（一）追索劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金，不超过当地月最低工资标准十二个月金额的争议；”
“（二）因执行国家的劳动标准在工作时间、休息休假、社会保险等方面发生的争议。”
第四十八条规定：“劳动者对本法第四十七条规定的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。”
根据以上规定，对于该类争议劳动者具有“一裁终局”的“特权”，而用人单位却不具有同等的权力。且用人单位如果想退房该类裁决的话，必须证明仲裁裁决具有下列情形之一：
“（一）适用法律、法规确有错误的；（二）劳动争议仲裁委员会无管辖权的；（三）违反法定程序的；（四）裁决所根据的证据是伪造的；（五）对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据的；（六）仲裁员在仲裁该案时有索贿受贿、徇私舞弊、枉法裁决行为的。”
