《深圳市人民代表大会常务委员会关于农村城市化历史遗留违法建筑的处理决定》于2009年6月2日正式颁布实施。根据该决定，农门房、私房的权利人应到各社区进行登记，社区登记后，权属登记资料将汇总到街道办的国土所或执法队（一般是执法队），由执法队将权利人提交的《建设用地通知书》、《建筑规划许可证》、《建设施工许可证》、“转让协议》、身份证、户口本等资料进行核实，并将这些信息录入到“历史遗留违法建筑信息录入系统”，后在汇总到国土局，由国土局对全市的农门房、私房现状进行分析。完成上述普查工作后，国土局将根据情况，要求权利人补交土地出让金、缴纳罚款后，给权利人办理《房地产证》。
深圳龙岗律师网认为，通过普查、补办《房地产证》，将可以最大程度确定农门房、私房产权，定争止纷，减少因农门房、私房发生的纠纷，有利于社会和谐。更重要的是，确认产权后，将使旧城改造、拆迁、规划、城市更新等工作变得更加顺利，可以大大加快龙岗区、宝安区的农村城市化工作。所以可以说，本次历史遗留违法建筑普查、补办《房地产证》工作是龙岗区、宝安区农村城市化的关键工作。
但是，农门房、私房的权属情况经常会发生以下几种纠纷，导致权利人无法办理《房地产证》：
1、某房产《建设用地通知书》登记的是甲，而甲实际上已经将该土地及其地上建筑物一起“卖”给了乙，实际的权利人应该为乙。现甲、乙都要求主张该房产的权利，那该如何处理？
2、某房产《建设用地通知书》登记的是甲，甲是村民，而实际上该房产是甲提供土地，非村民乙提供资金共同“合作”建造，但因乙并非村民，所以没有登记乙的名。现甲、乙都要求主张该房产的权利，那该如何处理？
我们都知道，农村村集体的土地所有权属于村集体所有，而非属于村民个人所有，村民个人仅具有该土地的使用权，该使用权不包括对该土地使用进行转让、买卖的权利。但实际上，村民将土地出让给外村人的事情经常发生，现实中不可能予以杜绝。但是，从法律上来说，该出让、买卖行为是无效行为。
所以，如果发生以上情况，法院会面临“三难”局面。因为，既然房屋下面的土地属于村集体所有，那么该房屋判给甲或者乙似乎都没有法律依据，而如果判给村集体也不合适，因为土地上的房屋并非村集体建造。
那么，我们应该怎么处理呢？
首先我们要明确，一栋房屋包括两个部分，即房屋本身和下面的土地。而土地是属于村集体的，不能由个人进行买卖。但是房屋本身是由村民自行或与他人合作建设，是属于村民或他人的。也就是说，一栋房屋，我们可以分成“土地”、“房屋”两个部分进行处理。具体操作上，我们又分成两个步骤。
第一步、到法院起诉，请求法院对“房屋本身”即地上建筑物进行确权。
如上述第1个案例中，乙可以请求法院确认其属于该房屋即土地上的“地上建筑物”的所有权人，而对房屋下面的土地不予处理。对这个只要求确认“房屋”、“地上建筑物”所有权的诉讼请求，法院是有权力根据《建设用地通知书》、《建筑规划许可证》、《建设施工许可证》等材料做出认定的。这样的请求，就避免了在“土地使用权”上扯皮、浪费时间。
第二部、依据法院的判决，到国土局进行登记，办理《房地产证》。
如上述案例中，国土局虽然不能对房屋的权属进行确认（那是法院的职责），但是国土局可以依据法院的判决，认定乙就是“初步”权利人，从而根据上述《深圳市人民代表大会常务委员会关于农村城市化历史遗留违法建筑的处理决定》，通知乙补交土地出让金（取得土地的使用权）、缴纳罚款（对之前买卖房屋的违法行为的处罚》）后，给乙办理《房地产证》。
深圳龙岗律师网认为，通过以上“两步走”的方案，即对历史遗留违章建筑处理过程中发生权属纠纷的农门房、私房进行合法的处理。
