在有限责任公司的股权转让过程中，由于涉及到有限责任公司股权转让的变更登记，在变更登记时需向工商局提交《股权转让协议书》，可能会因该《股权转让协议书》不能通过工商局的审核导致股权转让变更登记失败，所以很多当事人采取了“阴阳协议”的方式以免股权转让变更登记失败。
所谓“阴阳协议”，即股权转让的双方当事人私下签订一份双方真正认可的《股权转让协议书》，以作双方股权转让的依据，由于股权转让关涉重大利益，这份协议可能极其复杂，会大大增加工商局审核人员的工作量，并且可能因为工商局审核人员对合同的理解有差异导致不能通过审核，此为“阴协议”；而为了完成股权转让变更登记，又依照工商局提供的《股权转让协议》范本向工商局提交一份简易版本的《股权转让协议》，此协议依照工商局的《股权转让协议书》范本制作，仅有被转让股权的份额、股权转让价款的差异，所以都能通过审核，使得股权转让变更登记顺利进行，此为“阳协议”。
虽然“阴协议”是双方意思的真实表示，但是由于“阴协议”一般没有经过公证，且没有在工商局备案，所以一旦发生争议，许多律师认为应该按照“阳协议”进行处理。但是，由于“阳协议”条款极其简单，对股权转让中的细节就无法进行约束，所以完全按照“阳协议”进行处理，结果可能是无法查清事实真相。因此，在大多数的判例中，如果“阴协议”没有违反强制性的法律法规，没有侵害国家、集体、社会利益，没有违反社会公德等情况下，法院一般也予以采信。
从这些判例的经验中，作为股权转让的法律顾问，律师应该注意：
一、“阴协议”不能违反强制性的法律法规，不能侵害国家、集体、社会利益，不能违反公序良俗，否则，该“阴协议”就是无效协议，不能起到保护双方当事人权益的目的；
二、“阴协议”的内容不能与“阳协议”相违背，以免出现“阴协议”与“阳协议”约定不一致的情况，如出现这种情况，法院多数会采信“阳协议”的约定；
三、“阴协议”中应该有这样的表述“股权转让的双方为股权转让变更登记之便利，另行签订简易版本的《股权转让协议书》，该《股权转让协议书》提交给工商注册登记机构办理股权转让变更登记手续，该《股权转让协议书》与本协议（即‘阴协议’约定不一致或未约定的事项，以本协议为准”。
四、“阴协议”及“阳协议”中均应明确约定发生争议归仲裁机构管辖，理由是管辖机构作为民间组织，更注重协议的自由性，只要“阴阳协议”不存在上述第一项的问题，仲裁机构均会认可其法律效力，而法院则更注重从“保护市场秩序”、“维护社会稳定”等角度出发，倾向于认定“阴阳协议”为无效。因此，在“阴协议”及“阳协议”中约定由仲裁机构管辖，就排除了法院的干扰，这就为“阴阳协议”法律效力问题加上“双保险”。
